日本の歴史と文化について、大きな研究課題のもとに、歴史学・考古学・民俗学及び自然科学の学際的研究を目指すものが「基幹研究」です。
継続
◇ 神仏と生死に関する通史的研究（歴博民俗研究系・教授 新谷尚紀 他）
（１）神仏信仰に関する通史的研究?（広島大学文学部・教授 三浦正幸 他17名）
（２）生老死と儀礼に関する通史的研究?（歴博民俗研究系・教授 新谷尚紀 他12名）
◇ 20世紀に関する総合的研究（歴博歴史研究系・教授 安田常雄 他）
（１）20世紀における戦争?（歴博歴史研究系・教授 安田常雄 他17名）
（２）戦争体験の記録と語りに関する資料論的研究（歴博民俗研究系・助手 関沢まゆみ 他13名）
新規
◇生業・権力と知の体系に関する歴史的研究（歴博歴史研究系・教授 井原今朝男 他）
（１）古代における生産と権力とイデオロギー（歴博考古研究系・教授 広瀬和雄 他14名）
（２）中・近世における生業と技術・呪術信仰（歴博歴史研究系・教授 井原今朝男 他15名）
◇交流と文化変容に関する史的研究（歴博考古研究系・教授 西本豊弘 他）
（１）「三国志」魏書東夷伝の国際環境（徳島大学総合科学部・教授 東潮 他14名）
（２）世紀墓制にみる倭の対外交流と文化受容の比較研究（歴博考古研究系・助教授 杉山晋作 他14名）
本館所蔵資料の情報化をはかり、歴史学・考古学・民俗学などの新しい方法論的な基盤をつくる共同研究が「基盤研究」です。
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◇ 資料の科学的調査および総合的年代研究
（１）高精度年代測定法の活用による歴史資料の総合的研究（歴博情報資料研究系・教授 今村峯雄 他14名）
（２）「高松宮家伝来禁裏本」の基礎研究（歴博歴史研究系・教授 吉岡眞之 他11名）
（３）歴史資料の材質・製作技法と生産地に関する調査研究（歴博情報資料研究系・教授 宇田川武久 他13名）
◇ 資料の高度歴史情報化と資料学的総合研究
（１）明治地籍図の集成的研究（歴博歴史研究系・助教授 青山宏夫 他15名）
（２）民俗研究映像の資料論的研究（歴博民俗研究系・助手 内田順子 他8名）
◇ 博物館学的総合研究
（１）歴史展示における「異文化」表象の基礎的研究（歴博歴史研究系・教授 久留島浩 他20名）
新規
◇資料の高度歴史情報化と資料学的総合研究
（１）縄文・弥生集落遺跡の集成的研究（歴博考古研究系・助教授 藤尾慎一郎 他12名）
歴史学・考古学・民俗学及び自然科学の固有の課題を中心とするものが「個別共同研究」です。
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◇ 平田国学の再検討−篤胤・銕胤・延胤・盛胤文書の史料学的研究−（歴博・館長 宮地正人 他4名）
◇ 宮座と社会：その歴史と構造（仏教大学文学部・教授 八木透 他16名）
◇ 宗教者の身体と社会（歴博民俗研究系・助教授 松尾恒一 他12名）
◇ 水木コレクションの形成過程とその史的意義（京都大学人文科学研究所・助教授 高木博志 他20名）※公募型
◇ マロ塚古墳出土品を中心にした古墳時代中期武器武具の研究（熊本大学文学部・助教授 杉井 健 他11名）
◇ 東アジアにおける多様な自然利用−水田農耕民と焼畑農耕民−（歴博考古研究系・助教授 西谷大 他6名）
◇ 日本における民俗研究の形成と発展に関する基礎研究（歴博民俗研究系・助教授 小池淳一 他18名）
◇ 愛媛県上黒岩遺跡の研究（歴博考古研究系・教授 春成秀爾 他12名）
新規
◇日本歴史における水田環境の存在意義に関する総合的研究（歴博民俗研究系・助教授 安室知 他16名）
◇人文・自然景観の開発・保全と文化資源化に関する研究（歴博民俗研究系・助手 青木隆浩 他14名）
歴史学、考古学、民俗学を中心とする幅広い学際的研究で、比較的規模も大きく、先端的緊急の課題について取り組んでいるものが、基幹研究です。
・日本歴史における環境と人間生活に関する総合的研究（第?期：平成7年度〜平成9年度）
・歴史における戦争の研究（第?期：平成7年度〜平成9年度）
・日本における都市生活史の研究（第?期：平成8年度〜平成10年度）
・歴史資料分析の多角化と総合化（第?期：平成8年度〜平成10年度）
・地域社会における基層信仰の歴史的研究（第?期：平成8年度〜平成10年度）
・日本歴史における環境と人間生活に関する総合研究（平成10年度〜平成12年度）
・歴史における戦争の研究（平成10年度〜平成12年度）
・日本における都市生活史の研究（平成11年度〜平成13年度）
・古代・中世における流通・消費とその場（平成11年度〜平成13年度）
・都市の地域特性の形成と展開過程−18〜19世紀、下総地域の内陸舟運と流域都市を中心に−（平成11年度〜平成13年度）
・地域社会における基層信仰の歴史的研究（平成11年度〜平成13年度）
・カミ祭祀・葬墓制と地域社会（平成11年度〜平成13年度）
・地域社会・文化の諸相と基層信仰（平成11年度〜平成13年度）
・歴史資料分析の多角化と総合化（平成11年度〜平成14年度）
・生産と利用に関する歴史資料分析研究の集約（平成11年度〜平成14年度）
・農耕社会の形成と環境への影響
・縄文・弥生農耕の問題（平成13年度〜平成15年度）
・環境利用システムの多様性と生活世界（平成13年度〜平成15年度）
本館所蔵資料の情報化をはかり、歴史学・考古学・民俗学などの新しい方法論的な基盤をつくる共同研究が「基盤研究」です。
・館蔵資料「江戸図屏風」の資料学的研究（平成14年度〜平成16年度）
歴史学・考古学・民俗学それぞれの固有の課題を中心とするものが個別共同研究です。
・都市における生活空間の史的研究（昭和56年度〜平成6年度）
・都市における交流空間の史的研究（平成2年度〜平成4年度）
・日本における基層信仰の研究（昭和56年度〜平成6年度）
・中世荘園遺構の調査ならびに記録保存法の研究（昭和56年度〜昭和61年度）
・古代集落遺跡の研究（昭和56年度〜昭和60年度）
・民俗誌作成の総合的研究（畑作農村の民俗誌的研究）（昭和56年度〜昭和60年度）
・日本の歴史学、考古学、民俗学および関連分野の博物館に適する専用端末の基礎的研究（昭和57年度〜昭和60年度）
・動物考古学の基礎的研究（昭和61年度〜昭和62年度）
・歴史研究支援情報処理の研究−画像データを中心にして−（昭和61年度〜昭和63年度）
・日本民俗学方法論の研究（昭和61年度〜昭和63年度）
・歴史資料の非破壊分析法の研究（昭和62年度〜平成元年度）
・日本出土鏡のデータ集成及びその共同利用に関する基礎的研究（昭和63年度〜平成2年度）
・歴史系研究支援情報処理の研究−カタチの情報のデータ形成・索引法−（平成元年度〜平成3年度）
・日本荘園データベース構築の基礎的研究（平成元年度〜平成3年度）
・日本における子ども史の基礎的研究（平成元年度〜平成3年度）
・民俗誌の記述についての基礎的研究（平成元年度〜平成3年度）
・日本人の色彩感覚に関する史的研究（平成2年度〜平成4年度）
・中世食文化の基礎的研究（平成3年度〜平成5年度）
・文献史料による武器・武具の研究（平成4年度〜平成6年度）
・古墳時代における伽耶と日本の交流に関する基礎的研究（平成4年度〜平成6年度）
・日本人の名前と社会：その歴史と構造（平成4年度〜平成6年度）
・中世都市の調査・分析方法に関する研究（平成5年度〜平成7年度）
・在郷町の成立と展開−桐生新町の分析−（平成5年度〜平成7年度）
・同位体を用いた産地決定法の研究（平成5年度〜平成7年度）
・古代荘園絵図と在地社会についての史的研究−「額田寺伽藍並条里図」の分析−（平成6年度〜平成8年度）
・大衆文化時代における生活文化の民俗学的研究（平成6年度〜平成8年度）
・「つくり物」の総合的研究（平成8年度〜平成10年度）
・博物館資料の保存環境（平成9年度〜平成11年度）
・東アジアにおける農耕文化の成立と拡散（平成10年度〜平成12年度）
・室町期荘園制の研究（平成10年度〜平成12年度）
・民俗学的画像に関する基礎的研究（平成10年度〜平成12年度）
・地域蘭学の総合的研究（平成11年度〜平成13年度）
・歴史資料と災害像−歴史災害から何を学ぶか−（平成13年度）
・近代日本兵士に関する諸問題の研究（平成13年度〜平成15年度）
・民俗学における現代文化研究（平成13年度〜平成15年度）
・海をわたった華花
・神社の多面性に関する資料論的研究
・前近代の東アジアにおける人・モノ・技術の交流とシステム（平成13年度〜平成15年度）
・水木コレクションの形成過程とその史的意義（平成13年度〜平成15年度）
・佐倉連隊と地域民衆（平成14年度〜平成16年度）
・律令国家転換期の王権と都市（平成14年度〜平成16年度）
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