歴史学・民俗学および関連諸科学の共同による学際的・総合的な日本歴史研究の実践と確立を目指し、平成11年度から総合研究大学院大学先端学術院先端学術専攻日本歴史研究コース(博士後期課程/入学定員3名)が設置されています。またその一環として特別共同利用研究員の制度も設けられており、大学院生に向けた指導を行っております。