歴史学・民俗学および関連諸科学の共同による学際的・総合的な日本歴史研究の実践と確立を目指し、平成11年度から総合研究大学院大学文化科学研究科日本歴史研究専攻(博士後期課程/入学定員3名)が設置されています。またその一環として特別共同利用研究員の制度も設けられており、大学院生に向けた指導を行っております。